故事紧接前作，哈利·波特、罗恩·韦斯莱和赫敏·格兰杰在贝壳小屋埋葬了家养小精灵 多比。他们从妖精 拉环那里得知，贝拉特里克斯·莱斯特兰奇的金库里藏着一个魂器——赫奇帕奇的金杯。在拉环的帮助下，三人成功闯入守备森严的古灵阁巫师银行，并盗走了金杯，但在此过程中失去了格兰芬多宝剑。 通过与伏地魔的思想连接，哈利意识到最后一个魂器藏在霍格沃茨城堡内，与拉文克劳学院有关。三人通过阿不福思·邓布利多的帮助秘密潜入已被食死徒控制的霍格沃茨。随着他们的到来，霍格沃茨之战正式爆发，凤凰社成员与学校的师生们共同抵御伏地魔大军的进攻。 在战斗中，罗恩与赫敏进入密室，用蛇怪的毒牙摧毁了赫奇帕奇的金杯。哈利则在有求必应屋中找到了拉文克劳的冠冕，并借助克拉布释放的厉火将其意外摧毁 (电影设定)。随后，他们目睹了伏地魔在尖叫棚屋 (电影中为船屋) 杀害西弗勒斯·斯内普，企图成为老魔杖的真正主人。斯内普在临死前将自己的记忆交给了哈利。 通过冥想盆，哈利了解了全部真相：斯内普对莉莉·波特深沉的爱，他作为双面间谍的身份，以及哈利自己就是伏地魔无意中制造的第七个魂器。为了彻底消灭伏地魔，哈利坦然走向禁林赴死。他使用复活石短暂地见到了父母、小天狼星布莱克和莱姆斯·卢平的灵魂。伏地魔对哈利施展了阿瓦达索命咒，但这道咒语只摧毁了哈利体内伏地魔的灵魂碎片。 哈利在一个类似国王十字车站的幻境中与阿不思·邓布利多交谈后，选择回到现实。他假装死亡，被带回霍格沃茨。当纳威·隆巴顿勇敢地站出来反抗伏地魔时，他从分院帽中抽出了格兰芬多宝剑，并斩杀了伏地魔的最后一个魂器——宠物蛇纳吉尼。 在最后的决战中，哈利向伏地魔揭示了老魔杖忠诚的真相。由于哈利早已解除了德拉科·马尔福的魔杖，而德拉科是杀死邓布利多的人，因此老魔杖的真正主人是哈利。伏地魔射向哈利的索命咒被老魔杖反弹，最终杀死了他自己。战争结束后，哈利修复了自己原来的冬青木魔杖，并将老魔杖的归属权终结。
作为电影改编，本作在情节、场景和设定上与原著小说存在一些显著差异，这些差异主要是为了增强视觉表现力和戏剧冲突。
《哈利・波特与死亡圣器（下）》是《哈利・波特》电影系列的最终章，为长达十年的电影传奇画上了句号。它不仅是整个系列商业上最成功的作品，也获得了评论界的高度赞扬。影评人普遍认为，影片成功地将宏大的战争场面与角色之间深刻的情感内核相结合，为整个故事提供了一个令人满意且充满力量的结局。它被视为电影史上最出色的系列终章之一，证明了该系列能够随着其角色的成长而变得更加成熟和深刻。