中世纪是深刻塑造英国乃至整个欧洲巫师社会形态的关键时期。这一时期的历史以两大主线为核心：巫师社群内部的构建与分歧，以及与日益充满敌意的麻瓜世界之间愈演愈烈的冲突。 大约在公元993年，四位当时最伟大的巫师——戈德里克・格兰芬多、赫尔加・赫奇帕奇、罗伊纳・拉文克劳和萨拉查・斯莱特林——共同建立了霍格沃茨魔法学校，旨在为英国的年轻巫师提供一个安全的、系统化的魔法教育场所。然而，创始人之间很快出现了不可调和的矛盾。萨拉查・斯莱特林坚持认为只有纯血统的巫师才有资格学习魔法，并极力主张拒绝麻瓜出身的学生。当他的提议被其他三位创始人否决后，他愤然离开了学校，但在离开前秘密建造了密室，并留下了一只蛇怪，期望有朝一日他的继承者能开启密室，清除学校里所有“不配”学习魔法的人。 与此同时，在麻瓜社会中，对魔法的恐惧和不理解逐渐演变为大规模的迫害，即“猎巫运动”。尽管这段时期对真正的巫师和女巫来说，其危险性远不如对无辜的麻瓜们那么致命，因为有能力的巫师通常可以轻易使用魔法自保。例如，火焰冰冻咒就是一种常用的防御咒语，它能使火焰变得无害，仅带来轻微的酥痒感。著名的女巫古怪的温德琳 (Wendelin the Weird) 就非常享受这种感觉，她曾故意让自己被抓住并以女巫的名义“烧”了四十七次。尽管如此，这种持续的迫害在巫师社群中播下了对麻瓜深深的不信任，为日后巫师世界的彻底隐匿埋下了伏笔。
中世纪的历史事件为《哈利・波特》系列的核心冲突提供了至关重要的背景和根源。
魔法世界的许多设定都带有浓厚的中世纪或前工业时代的美学色彩，例如使用羊皮纸和羽毛笔、穿着长袍、居住在城堡中等。这并非因为巫师社会的发展停滞，而是一种文化选择，旨在强调魔法世界与现代麻瓜科技世界的区别与分离。