在伏地魔和食死徒的恐怖活动日益公开化、整个魔法世界陷入恐慌的背景下，哈利・波特迎来了他在霍格沃茨的第六个学年。新任魔法部部长鲁弗斯・斯克林杰试图将哈利塑造为部门的“吉祥物”，但遭到了拒绝。开学前，阿不思・邓布利多亲自将哈利从德思礼家接走，并成功说服了已退休的魔药学教授霍拉斯・斯拉格霍恩重返霍格沃茨任教，而西弗勒斯・斯内普则如愿以偿地成为了黑魔法防御术课的教授。 在魔药课上，哈利意外得到了一本旧的《高级魔药制作》教科书，书上写满了前任主人“混血王子”留下的高明注解和自创咒语，这让哈利的魔药学成绩突飞猛进，甚至超越了赫敏・格兰杰。与此同时，邓布利多开始给哈利进行单独授课，通过冥想盆向他展示了汤姆・里德尔的过去，揭示了他如何一步步转变为伏地魔的过程。课程的核心目标是获取斯拉格霍恩一段关于魂器的真实记忆，邓布利多认为这段记忆是击败伏地魔的关键。 在这一学年，哈利也密切关注着德拉科・马尔福的诡秘行踪。他坚信马尔福已经成为一名食死徒，并在霍格沃茨内执行某项秘密任务。书中的主要情节线围绕着魂器的秘密、混血王子的身份以及马尔福的阴谋展开。最终，哈利成功获取了斯拉格霍恩的记忆，得知伏地魔意图制造七个魂器来达到永生。 故事在天文塔上达到悲剧性的高潮。邓布利多和哈利在寻获一个魂器（后被证实为赝品）后精疲力尽地返回学校，却发现学校已被食死徒入侵。在塔顶，被缴械的邓布利多被斯内普用阿瓦达索命咒杀死。在混乱的追逐中，斯内普向哈利揭示，他自己就是“混血王子”。故事的结尾，在邓布利多的葬礼后，哈利决定不再返回霍格沃茨完成学业，而是致力于寻找并摧毁伏地魔剩下的魂器。
《哈利・波特与混血王子》是系列中色调最为黑暗和沉重的作品之一。本书深入探讨了牺牲、信任与背叛的主题。邓布利多的死是故事的转折点，象征着哈利保护伞的消失，迫使他必须独立面对自己的命运。同时，书中关于伏地魔过去的记忆探讨了爱的重要性以及缺乏爱的环境如何塑造一个人的邪恶本质。斯拉格霍恩对名利和杰出人士的偏爱，也反映了社会中存在的精英主义和偏见。