故事始于 哈利・波特 成为孤儿，被姨夫姨妈，即厌恶魔法的德思礼一家收养。在压抑的环境中度过十一年后，哈利开始收到来自霍格沃茨魔法与巫术学校的神秘信件。在巨人鲁伯・海格的帮助下，哈利得知自己是巫师的真相，他的父母是被邪恶的佛地魔所杀害，而他自己则是唯一从佛地魔的索命咒下生还的人，因此在巫师界被称为“活下来的男孩”。 海格带领哈利进入了伦敦隐藏的魔法世界，包括破釜酒吧和斜角巷，在那里哈利购买了学习用品并获得了他的第一根魔杖。在前往霍格沃茨的特快列车上，他结识了荣恩・卫斯理和妙丽・格兰杰，三人很快成为挚友。入学后，分院帽将哈利、荣恩和妙丽都分入了葛萊分多学院。哈利也与来自史萊哲林学院的跩哥・馬份结下梁子。 在学校里，哈利展现出非凡的飞行天赋，成为葛萊分多魁地奇球队一个世纪以来最年轻的搜捕手。与此同时，三人发现学校三楼的禁区走廊里藏着一个神秘的物体，由一条名为毛毛的三头犬看守。他们推断这个物体就是传说中能制造长生不老药的魔法石，并怀疑严厉的魔药学教授赛佛勒斯・石内卜企图为佛地魔盗取它。 为了阻止石内卜，三人组突破了一系列由学校教授设置的魔法关卡，包括魔鬼网、飞天钥匙、巨型巫师棋和逻辑药水谜题。最终，哈利独自面对了真正的窃贼——并非石内卜，而是他胆怯的黑魔法防御术老师奎若教授。奎若的后脑勺上附生着虚弱的佛地魔。佛地魔试图利用哈利从意若思镜中取出魔法石，但失败了。当奎若试图杀死哈利时，由于莉莉・波特留下的爱的牺牲保护咒，奎若的身体在接触到哈利后化为灰烬。 哈利在学校医院醒来，阿不思・鄧不利多校长向他解释了所有谜团：爱的保护咒、石内卜其实一直在保护他、以及魔法石已被销毁的事实。在学年末的宴会上，因哈利、荣恩和妙丽的英勇行为，葛萊分多最终赢得了学院杯。
作为系列的第一部，本书为整个魔法世界奠定了基础，引入了大量核心概念：