故事始于孤儿 哈利・波特 在其姨夫姨妈，即严苛厌恶魔法的德思礼一家，的压迫下生活。在他十一岁生日之际，哈利的生活发生了翻天覆地的变化。他收到了来自霍格沃茨魔法学校的录取通知书，并从混血巨人鲁伯・海格口中得知了自己的真实身份：他是一名巫师，其父母是被邪恶的伏地魔杀害的，而他本人则是唯一从伏地魔的索命咒下生还的人，因此在魔法世界家喻户晓。 海格带领哈利进入了伦敦隐藏的魔法商业街——对角巷，为他购买了上学所需的一切用品。随后，哈利乘坐霍格沃茨特快列车前往学校，在旅途中结识了罗恩・韦斯莱和赫敏・格兰杰，两人后来成为了他最亲密的朋友。在霍格沃茨，哈利被分院帽分入了格兰芬多学院，并开始学习魔咒、魔药学和变形术等课程。他还展现出了在魁地奇运动上的天赋，成为了一名出色的找球手。 学年期间，哈利、罗恩和赫敏无意中发现学校三楼的禁区内藏着一条三头大狗路威，它守护着一个神秘的活板门。三人怀疑严厉的魔药学教授西弗勒斯・斯内普企图窃取活板门下的宝物——传说中能点石成金、制造长生不老药的魔法石。他们认为斯内普想将魔法石交给伏地魔，帮助其复活。 为了阻止阴谋，三人组冲破了由学校教授们设置的一系列魔法关卡，包括魔鬼网、会飞的钥匙、巨型巫师棋和逻辑药水谜题。然而，在最后一间密室里，哈利发现真正的幕后黑手并非斯内普，而是他胆怯的黑魔法防御术课教授——奇洛教授。奇洛教授的后脑勺上附生着虚弱的伏地魔残魂。奇洛教授企图利用厄里斯魔镜从哈利手中夺走魔法石，但由于哈利母亲莉莉・波特留下的爱的牺牲魔法，奇洛教授的身体一接触哈利便会化为灰烬。最终，伏地魔的灵魂逃离，奇洛教授死亡。 阿不思・邓布利多校长向哈利解释了所有真相，包括他母亲的爱所形成的强大保护魔法。在学年末的宴会上，邓布利多为哈利、罗恩、赫敏和纳威・隆巴顿的出色勇气和友谊给予了格兰芬多学院额外的加分，使其成功反超斯莱特林，赢得了当年的学院杯。
《哈利・波特與魔法石》为整个系列奠定了坚实的基础。