故事开始于第二次巫师战争全面爆发的黑暗时期，魔法部已被伏地魔的势力渗透并掌控。哈利·波特、罗恩·韦斯莱和赫敏·格兰杰决定不再返回霍格沃茨，而是继承阿不思·邓布利多的遗志，踏上寻找并摧毁伏地魔的魂器的危险旅程。 在逃亡过程中，三人经历了前所未有的孤立与考验。他们首先执行了“七个波特”计划，从德思礼家安全转移哈利，但过程中疯眼汉穆迪牺牲，乔治·韦斯莱失去了一只耳朵。随后，在比尔·韦斯莱和芙蓉·德拉库尔的婚礼上，食死徒发动袭击，三人被迫中断仪式，开始流亡。 他们潜入被食死徒控制的魔法部，成功从多洛雷斯·乌姆里奇手中夺走了斯莱特林的挂坠盒——一个真正的魂器。然而，魂器的邪恶力量开始侵蚀他们的心智，尤其是罗恩，他在绝望与嫉妒的双重压力下与哈利和赫敏决裂并离去。 哈利和赫敏继续旅程，他们前往戈德里克山谷，希望能找到更多线索。在那里，他们不仅探访了哈利父母的故居和坟墓，还遭遇了伪装成巴希达·巴沙特的巨蛇纳吉尼的致命袭击，并在打斗中哈利的魔杖被折断。 后来，一只银色的牝鹿形态的守护神指引哈利在冰湖中找到了格兰芬多宝剑。罗恩在此时回归，用宝剑摧毁了斯莱特林的挂坠盒。重归于好的三人拜访了卢娜·洛夫古德的父亲谢诺菲留斯·洛夫古德，从他口中得知了死亡圣器——老魔杖、复活石和隐形衣——的传说。 影片的结尾，三人被“搜捕队”抓获并带至马尔福庄园。在小精灵多比的英勇帮助下，他们成功救出了卢娜、奥利凡德先生和妖精拉环，但多比在幻影移形过程中被贝拉特里克斯·莱斯特兰奇掷出的匕首击中，不幸牺牲。与此同时，伏地魔根据他获得的线索，找到了邓布利多的坟墓，并从中取走了威力无穷的老魔杖。