故事始于 哈利·波特 在 德思礼 家度过的又一个糟糕暑假。家养小精灵 多比 突然出现，警告哈利若返回 霍格沃茨 将有生命危险，并试图阻止他返校。随后，罗恩·韦斯莱 与他的哥哥们驾驶一辆会飞的 福特安格利亚轿车 将哈利从德思礼家救出，带到了他们的家——陋居。 在新学期开始后，霍格沃茨 内怪事频发。哈利开始听到只有他能听见的、充满恶意的声音。不久，管理员 阿格斯·费尔奇 的猫 洛丽丝夫人 被石化，墙上出现了用血写下的警告：“密室被打开了。与继承人的仇敌们当心。” 这引起了全校的恐慌。新的 黑魔法防御术 教授 吉德罗·洛哈特 是个爱慕虚荣、华而不实的骗子，完全无法提供任何帮助。 在一次由洛哈特组织的 决斗俱乐部 中，哈利无意间暴露了自己会说 蛇佬腔 的能力，这使他在同学们眼中成为了 斯莱特林的继承人 的头号嫌疑人。与此同时，针对学生的攻击接连发生，科林·克里维、贾斯廷·芬列里 和 赫敏·格兰杰 等多人相继被石化。为了查明真相，哈利、罗恩和赫敏利用 复方汤剂 变成斯莱特林学生，试图从 德拉科·马尔福 口中套取情报，但一无所获。 哈利意外捡到了一本五十年前的旧日记，日记的主人是 汤姆·马沃罗·里德尔。通过日记，哈利进入了一段记忆，目睹了五十年前密室被打开时，鲁伯·海格 因被怀疑放出怪物而被开除。当 金妮·韦斯莱 被抓进密室后，哈利和罗恩在 哭泣的桃金娘 的盥洗室里找到了密室的入口。 在密室深处，哈利见到了十六岁的 汤姆·里德尔 的记忆影像。里德尔承认自己就是 斯莱特林的继承人，也是年轻时的 伏地魔，并通过日记操控了金妮。他放出密室中的怪物——一条巨大的 蛇怪。关键时刻，阿不思·邓布利多 的 凤凰 福克斯 为哈利送来了 分院帽，哈利从帽中抽出了 戈德里克·格兰芬多 的宝剑。在福克斯的帮助下，哈利杀死了蛇怪，但被蛇怪的毒牙刺伤。福克斯用它的眼泪治愈了哈利。最后，哈利拿起蛇怪的毒牙，刺穿了 汤姆·里德尔的日记，彻底摧毁了里德尔的记忆影像，并拯救了金妮。 事件结束后，哈利向邓布利多讲述了全部经过。邓布利多解释了哈利之所以会蛇佬腔，是因为当年伏地魔试图杀死他时，无意中将自己的一部分力量转移给了他。哈利也通过计谋，使 卢修斯·马尔福 无意间释放了他的家养小精灵多比。