游戏的主线剧情大致遵循了原著小说和电影的脉络。故事开始于哈利·波特的第六个学年,他获得了一本被标注了大量高级技巧的旧《高级魔药制作》课本,其前主人署名为“混血王子”。在阿不思·邓布利多的指导下,哈利通过冥想盆探索了伏地魔的过去,以寻找摧毁其魂器的线索。 与此同时,哈利对德拉科·马尔福在学校中的秘密行动产生了怀疑,并展开了调查。游戏也着重刻画了校园中的人际关系,特别是罗恩·韦斯莱与拉文德·布朗、赫敏·格兰杰之间的情感纠葛。故事在食死徒入侵霍格沃茨和天文塔上的悲剧性事件中达到高潮。
作为一款电子游戏,其情节和设定为服务于玩法而做出了一些显著的改编,这些内容不属于原著正典。