故事始于一个令哈利·波特异常烦躁的夏天，他被困在德思礼家，不仅与魔法世界隔绝，还面临着来自魔法部的无视与抹黑。在一次摄魂怪的袭击中，哈利被迫在麻瓜面前使用守护神咒，因此收到了霍格沃茨的开除通知和魔法部的听证会传票。 在凤凰社成员的护送下，哈利被带到其秘密总部——格里莫广场12号，这里是小天狼星·布莱克的家。他在此与罗恩·韦斯莱和赫敏·格兰杰重逢，并了解到凤凰社是一个致力于对抗伏地魔及其食死徒的秘密组织。在阿不思·邓布利多的帮助下，哈利在听证会上被宣告无罪，得以返回霍格沃茨。 然而，新学年充满了挑战。魔法部长康奈利·福吉由于恐惧和偏执，拒绝承认伏地魔已经回归，并安插自己的亲信多洛雷斯·乌姆里奇担任新的黑魔法防御术教授。乌姆里奇的教学完全脱离实践，并以高级调查官的身份颁布一系列教育令，逐步掌控了霍格沃茨。为了自卫，哈利、罗恩和赫敏秘密组织了“邓布利多军 (D.A.)”，在有求必应屋内教授同学们实用的防御魔法。 与此同时，哈利与伏地魔之间的思想连接变得愈发频繁和清晰，他时常在梦中看到伏地魔的行动。邓布利多安排西弗勒斯·斯内普教授哈利大脑封闭术以抵御伏地魔的入侵，但课程因两人之间的敌意而失败告终。 故事在哈利收到一个伏地魔正在神秘事务司折磨小天狼星·布莱克的虚假幻象时达到高潮。哈利与邓布利多军的五名成员——罗恩、赫敏、金妮·韦斯莱、纳威·隆巴顿和卢娜·洛夫古德——骑着夜骐赶往魔法部救援。他们在预言厅陷入了食死徒的埋伏，双方展开激战。凤凰社成员及时赶到支援，但在混战中，小天狼星·布莱克被他的堂姐贝拉特里克斯·莱斯特兰奇的咒语击中，坠入帷幔后死去。 随后，邓布利多与伏地魔本人在魔法部中庭展开了一场惊心动魄的对决，最终伏地魔在被击败前逃离，但他的现身被福吉及众多魔法部官员亲眼目睹。事件结束后，邓布利多向哈利揭示了关于他和伏地魔的那个重要预言的全部内容，解释了为何伏地魔一心想杀死他，并阐明了莉莉·波特的爱所给予哈利的古老保护魔法的重要性。
本书是系列中基调最为黑暗和政治化的一部，标志着哈利从一个男孩向一个战士的转变。