哲人石是炼金术的终极造物，拥有两种举世闻名的神奇能力：
哲人石是著名炼金术师 尼可・勒梅 的唯一传世杰作。在长达数百年的时间里，他和他的妻子一直使用哲人石制造的 长生不老药 来延长生命。 1991年，由于担心东山再起的 伏地魔 会前来盗取哲人石以恢复其肉身和获得永生，阿不思・邓布利多 与 尼可・勒梅 商议后，决定将哲人石从 古灵阁 的713号金库转移至 霍格沃茨 城堡进行严密保护。邓布利多 联合多位教授设下了一系列复杂的魔法关卡来保卫它，其中包括三头犬路威、魔鬼网、带翼钥匙、巨型巫师棋、魔药谜题等，最后的关卡则是 厄里斯魔镜。 在1991-1992学年期间，被 伏地魔 附身的 奇洛教授 多次尝试盗取哲人石，但均未成功。在学年期末，他终于突破了重重关卡来到 厄里斯魔镜 前，但无法从镜中取出哲人石。随后赶到的 哈利・波特 与他对峙。由于 邓布利多 的高明设计，只有不想 利用 它、只想 找到 它的人才能从镜中获得哲人石，因此石头最终出现在了哈利的口袋里。在对决中，由于莉莉・波特留给哈利的爱所形成的古代魔法保护，奇洛教授 的身体无法承受与哈利的接触，最终化为灰烬，伏地魔 的灵魂也因此逃离。 事件结束后，邓布利多 和 尼可・勒梅 一致认为哲人石的力量过于危险，继续存在于世只会招来无穷的觊觎和纷争。因此，这对老朋友共同决定将哲人石销毁。
哲人石是小说第一部《哈利・波特与魔法石》的核心情节驱动物 (MacGuffin)。整个故事围绕着 伏地魔 试图偷盗它和 哈利・波特 一方奋力保护它而展开。 它也引出了整个系列一个重要的哲学主题：对死亡的态度。伏地魔 对死亡极度恐惧，不惜一切代价追求永生；而 邓布利多 则认为 “对于组织良好、头脑清醒的人来说，死亡不过是另一场伟大的冒险”。哲人石的存在，鲜明地对比了这两种截然不同的人生观和价值观。保护哲人石的过程，也是哈利、罗恩和赫敏三人组的友谊与勇气的第一次重大考验。