幽灵司 (Department of Mysteries) 是魔法部中最神秘、保密级别最高的部门，位于魔法部主楼的第九层。其入口位于一条朴素走廊的尽头，是一扇没有任何把手、锁孔或标记的普通黑门，只有当人靠近并意图进入时才会显现并打开。进入后是一个全黑大理石的圆形入口大厅，墙壁上有多扇一模一样的黑门。每当一扇门被关上，整个房间的墙壁就会高速旋转，使来访者迷失方向，无法辨别来路和去路。 该部门的主要职能是研究宇宙中最深奥的秘密，包括时间、空间、思想、爱、死亡以及预言等。在幽灵司工作的巫师被称为缄默人 (Unspeakables)，他们受到魔法契约的约束，绝对禁止向外界透露其工作内容，甚至不能承认自己的工作地点。 幽灵司的历史非常悠久，远早于故事发生的时间。在第一次巫师战争期间，食死徒奥古斯都・罗克五就曾是幽灵司的一名缄默人，他利用职务之便为伏地魔提供情报。
幽灵司是《哈利・波特与凤凰社》一书高潮部分的核心舞台。伏地魔为了获取关于他和哈利・波特的完整预言，利用与哈利的大脑封闭术链接，制造了小天狼星布莱克在幽灵司受折磨的假象，引诱哈利前往。 哈利与赫敏・格兰杰、罗恩・韦斯莱、金妮・韦斯莱、纳威・隆巴顿和卢娜・洛夫古德组成的邓布利多军小队进入幽灵司，试图营救小天狼星。他们在寻找小天狼星的过程中穿过了幽灵司的数个房间，最终在预言厅找到了相关的预言球。然而，他们随即遭到了以卢修斯・马尔福和贝拉特里克斯・莱斯特兰奇为首的食死徒的伏击。 双方在幽灵司的各个房间内展开了激战。战斗中，存放于时间厅的所有时间转换器被毁。在死亡厅，小天狼星布莱克被贝拉特里克斯的咒语击中，坠入神秘的帷幔后死去。随后，凤凰社成员及时赶到支援，阿不思・邓布利多也抵达并与伏地魔在魔法部中庭展开了一场惊心动魄的对决。这场“幽灵司之战”最终迫使魔法部部长康奈利・福吉承认伏地魔已经归来，彻底改变了第二次巫师战争的公开局势。