魔法部部门（Ministry of Magic Departments）是英国魔法部内部的核心行政与立法分支机构。这些部门，在魔法部内部通常被称为 “司” (Department)，各司其职，共同负责管理英国巫师社会生活的方方面面，从法律执行、国际关系到体育赛事和机密研究。每个司级部门都由一位司长（Head of Department）领导，并下设多个办公室（Office）、处（Division）或委员会（Committee）以处理具体事务。这些部门的总部大多位于伦敦地下的魔法部大楼内。
魔法部的组织架构具有明确的层级。最高层级为魔法部长及其办公室，其下便是各大核心的司级部门。一个典型的司级部门结构如下：
根据原著记载，魔法部主要由以下七个核心的司级部门构成：
这是魔法部中规模最大、也通常被认为是最重要的部门。它负责制定和执行巫师法律，职能类似于麻瓜世界的司法部和警察系统的结合体。
负责处理一切意外暴露在麻瓜面前的魔法事件。该部门的工作人员是确保《国际巫师保密法》得以施行的关键力量。
负责管理和监督所有已知的神奇动物。它在处理与小精灵、人马、狼人等智慧种族的关系方面扮演着重要角色。
处理英国魔法部与其他国家魔法政府之间的外交关系，致力于在国际范围内推行巫师世界的法律与合作。
负责管理和规范巫师世界所有的交通方式，确保其安全、高效且不被麻瓜察觉。
负责组织和管理各类魔法体育赛事，如魁地奇世界杯和三强争霸赛。该部门被普遍认为是较为轻松和受欢迎的部门。
这是魔法部最机密的部门，其内部工作对魔法部其他所有员工都严格保密。这里的缄默人 (Unspeakables) 负责研究宇宙中最深奥的魔法奥秘，如时间、空间、思想、爱情和死亡。
魔法部的各个部门共同构成了《哈利・波特》系列中巫师社会官僚体系的缩影。它们不仅为故事提供了背景设定，还深刻地影响了情节发展：