神秘事务司是魔法部中最神秘、保密级别最高的部门，位于第九层，即魔法部的最底层。其主要职能是研究宇宙中最深奥的魔法与生命奥秘，包括时间、空间、思想、爱、死亡和预言。在该部门工作的巫师被称为缄默人，他们被魔法契约束缚，绝对禁止向外界透露其工作内容，甚至不能承认自己的工作地点。 该部门的入口位于一条朴素走廊的尽头，是一扇没有任何标记、也没有把手的普通黑色门。访客只需轻轻一推即可进入。入口后是一个圆形的黑色大厅，墙壁上排列着数扇一模一样的黑色门。一旦所有门关闭，整个大厅便会高速旋转，使人无法辨别来时的方向，只有正确的门才能通往神秘事务司的各个研究室。
神秘事务司在《哈利・波特与凤凰社》中扮演了至关重要的角色。伏地魔为了获取关于他和哈利・波特的完整预言球，策划了一系列阴谋。他利用与哈利之间的精神连接，向哈利植入了小天狼星布莱克在神秘事务司受折磨的虚假幻象，成功地将哈利引诱至此。 这直接导致了神秘事务司之战的爆发。哈利・波特、赫敏・格兰杰、罗恩・韦斯莱、金妮・韦斯莱、纳威・隆巴顿和卢娜・洛夫古德组成的邓布利多军小队与贝拉特里克斯・莱斯特兰奇领导的食死徒在此展开激战。战斗中，存放着关于哈利和伏地魔的预言球被摔碎，魔法部库存的全部时间转换器也尽数被毁。更重要的是，小天狼星布莱克在死亡室中被贝拉特里克斯的咒语击中，坠入神秘的帷幔后死去。 这场战斗最终以阿不思・邓布利多的及时赶到和与伏地魔的正面决斗告终。魔法部部长康奈利・福吉亲眼目睹了伏地魔的现身，使得黑魔王的回归再也无法被掩盖，彻底改变了第二次巫师战争的局势。
神秘事务司由多个专门用于研究不同奥秘的房间组成，通过入口大厅的门连接。