神秘部是魔法部中最机密、最不为人所知的部门，专门研究宇宙中最深邃的奥秘，包括时间、空间、思想、爱、死亡和预言。该部门位于魔法部总部大楼的最底层（第九层），其入口是走廊尽头一扇没有任何标记或把手的普通黑门。 进入门后是一个圆形的入口大厅，墙壁由黑色大理石砌成，地板也擦得锃亮。大厅周围有多扇一模一样的黑门。每当一扇门被关上，整个房间的墙壁就会高速旋转，使得来访者无法辨别自己刚才是从哪扇门进来的，也无法确定其他门通向何处，这是一种极高的安全措施。 神秘部的雇员被称为“缄默人”，因为他们受到严格的魔法契约束缚，绝对禁止向外界透露其工作内容。这个部门的历史非常悠久，甚至早于魔法部本身的许多其他部门。
神秘部是《哈利・波特与凤凰社》一书高潮部分的核心舞台。伏地魔为了获取关于他和哈利・波特的完整预言，利用他与哈利之间的精神连接，给哈利制造了一个小天狼星布莱克在神秘部受折磨的虚假幻象。 为了营救教父，哈利与邓布利多军的成员（赫敏・格兰杰、罗恩韦斯莱、金妮韦斯莱、纳威隆巴顿和卢娜洛夫古德）闯入了神秘部。他们在预言厅找到了相关的预言球，但很快就遭到了早已埋伏在此的食死徒的袭击。双方在神秘部的各个房间内展开了激烈的战斗。 在这场战斗中，预言球被意外打碎，其内容从未被伏地魔听到。更重要的是，小天狼星布莱克在死亡厅与他的堂姐贝拉特里克斯莱斯特兰奇决斗时，被一道咒语击中，坠入了神秘的帷幔之中，不幸牺牲。不久后，凤凰社成员赶到支援，而阿不思邓布利多也及时出现，并与伏地魔在魔法部中庭展开了一场惊心动魄的决斗。这场战斗最终迫使魔法部部长康奈利福吉承认伏地魔已经归来的事实。
神秘部内部由多个专门用于研究不同奥秘的房间组成。