神秘部门 (Department of Mysteries) 是 魔法部 内最机密的部门，位于总部地下第九层。其入口位于电梯厅走廊尽头的一扇没有任何标记和把手的普通黑门后。进入这扇门后，是一个圆形的黑色大理石房间，墙壁上排列着十二扇一模一样的门。每当有门关上，整个房间就会高速旋转，使来访者迷失方向，无法辨别来时的入口，这是其核心安全措施之一。 该部门存在的具体时间和目的对外界来说一直是个谜，甚至魔法部的其他雇员也对其知之甚少。部门的员工被称为“缄默人”，他们被禁止向任何人透露其工作内容。神秘部门的主要工作是研究魔法世界中最深奥、最强大的力量和概念，包括时间、空间、思想、爱情、死亡和预言等。这些研究往往是高度危险且无法用常规魔法理论解释的。
神秘部门是《哈利・波特与凤凰社》中后期情节的核心舞台。伏地魔为了获取关于他和哈利・波特的完整预言，精心设计了一个阴谋，用一个假象引诱哈利相信小天狼星布莱克被困在神秘部门并遭受折磨。 这导致了书中最激烈的冲突之一——神秘部门之战。哈利・波特带领邓布利多军的成员（赫敏・格兰杰、罗恩・韦斯莱、金妮・韦斯莱、纳威・隆巴顿和卢娜・洛夫古德）闯入该部门，并在预言厅与卢修斯・马尔福领导的食死徒小队展开激战。 随后，凤凰社成员（包括小天狼星布莱克、莱姆斯・卢平、疯眼汉穆迪、尼法朵拉・唐克斯和金斯莱・沙克尔）及时赶到支援。在战斗中，小天狼星布莱克被他的堂姐贝拉特里克斯・莱斯特兰奇的咒语击中，坠入了死亡厅中央的神秘帷幔，不幸身亡。 这场战斗最终以阿不思・邓布利多与伏地魔在魔法部中庭的公开对决而告终。这次对决被魔法部部长 康奈利・福吉及多名官员亲眼目睹，从而迫使魔法部正式承认伏地魔已经归来的事实。