神秘部门之战是第二次巫师战争中的第一场重大战役，发生于1996年6月。这场战斗在位于魔法部地下的神秘部门内展开。战斗的一方是由哈利・波特率领的六名邓布利多军成员，他们为了营救被误认为遭受折磨的小天狼星・布莱克而闯入魔法部；另一方则是由卢修斯・马尔福领导的十二名食死徒，他们的任务是夺取关于哈利・波特和伏地魔的预言。 战斗后期，凤凰社成员及时赶到支援D.A.军。最终，阿不思・邓布利多与伏地魔本人发生了直接对抗。这场战斗以小天狼星・布莱克的牺牲和伏地魔的回归被魔法界公之于众为标志性结局，彻底改变了战争的局势。
伏地魔复活后，一直试图获取一个存放在神秘部门内预言厅的预言。这个预言由西比尔・特里劳妮做出，关系到他和哈利・波特的命运。然而，只有预言所涉及的对象才能从预言厅中取出预言球。由于伏地魔不愿亲自冒险暴露自己已经回归的事实，他便利用自己与哈利・波特之间的大脑封闭术链接，向哈利的大脑中植入了一个小天狼星・布莱克正在神秘部门内被他折磨的虚假幻象。 尽管赫敏・格兰杰对此表示怀疑，并试图通过呼叫小天狼星・布莱克的住所来核实，但由于家养小精灵克利切的欺骗，他们未能成功。深信不疑的哈利决心前往救援。哈利・波特、赫敏・格兰杰、罗恩・韦斯莱、金妮・韦斯莱、纳威・隆巴顿和卢娜・洛夫古德六人乘坐夜骐飞往伦敦，进入了空无一人的魔法部，一步步踏入了食死徒设下的圈套。