在经历了伏地魔的复活后，哈利·波特被困在德思礼家度过了一个充满孤立和挫败感的夏天。魔法部部长康奈利·福吉拒绝承认伏地魔的回归，并利用《每日预言家报》对哈利和阿不思·邓布利多进行舆论抹黑。在一次摄魂怪的袭击中，哈利为自保被迫使用守护神咒，并因此面临被霍格沃茨开除的审判。在邓布利多的帮助下，哈利最终在威森加摩的听证会上被宣告无罪。 返回霍格沃茨后，哈利发现魔法部已经向学校派驻了高级副部长多洛雷斯·乌姆里奇作为新的黑魔法防御术教授。乌姆里奇的教学完全基于理论，禁止学生进行任何实践性的防御魔法，并以高级调查官的身份不断用“教育令”加强对学校的控制，最终取代邓布利多成为校长。为了反抗乌姆里奇的暴政并为即将到来的战斗做准备，哈利在赫敏·格兰杰和罗恩·韦斯莱的鼓励下，秘密组建了名为“邓布利多军”（简称 D.A.）的学生组织，亲自教授成员们实用的防御咒语。 与此同时，哈利与伏地魔之间的精神连接变得愈发频繁和清晰，他时常在梦中看到伏地魔的行动，甚至目睹了亚瑟·韦斯莱在魔法部遇袭的场景。为了防止伏地魔利用这种连接，邓布利多安排西弗勒斯·斯内普教导哈利大脑封闭术，但课程因两人之间的敌意而彻底失败。 学年末，哈利在幻象中看到其教父小天狼星布莱克在魔法部的神秘事务司里遭受伏地魔的折磨。尽管赫敏警告这可能是个陷阱，哈利还是与罗恩、赫敏、金妮·韦斯莱、纳威·隆巴顿和卢娜·洛夫古德一同骑着夜骐赶往魔法部救援。他们最终在预言厅落入食死徒的圈套，其目标是夺取一个关系到哈利和伏地魔命运的预言。邓布利多军的成员们与食死徒展开激战，随后以小天狼星和莱姆斯·卢平为首的凤凰社成员及时赶到。在混战中，小天狼星被他的堂姐贝拉特里克斯·莱斯特ран奇的咒语击中，坠入帷幔后死亡。 战斗的最后，伏地魔本人现身并与邓布利多展开了一场惊心动魄的决斗。尽管伏地魔最终逃脱，但他的出现被康奈利·福吉及多位魔法部官员亲眼目睹，第二次巫师战争自此公之于众。回到校长办公室后，邓布利多向悲痛的哈利揭示了那个预言的全部内容，解释了哈利的母亲为何能以爱为他提供保护，并指明他与伏地魔之间“两者必有一人死在另一人手上”的宿命。