在小惠金区的德思礼家度过又一个难熬的暑假时，哈利·波特和他的表哥达力·德思礼意外遭到两只摄魂怪的袭击。为了自保，哈利被迫施展了守护神咒，此举违反了“对未成年巫师在校外使用魔法的合理限制”，使他面临被霍格沃茨开除和被威森加摩审判的困境。
哈利被一个由疯眼汉穆迪、尼法朵拉·唐克斯和莱姆斯·卢平等人组成的先遣警卫队护送至格里莫广场12号——布莱克家族的老宅，同时也是新重组的凤凰社的总部。在这里，他与教父小天狼星布莱克、罗恩·韦斯莱和赫敏·格兰杰重逢。在阿不思·邓布利多的帮助下，哈利在魔法部的听证会上被宣告无罪，得以返回霍格沃茨。
魔法部部长康奈利·福吉由于恐惧邓布利多觊觎他的职位，坚决否认伏地魔的回归，并通过《预言家日报》将哈利和邓布利多抹黑为骗子和疯子。为了监视和控制霍格沃茨，魔法部强行安插其高级副部长多洛雷斯·乌姆里奇担任新的黑魔法防御术教授。乌姆里奇拒绝教授任何实用的防御魔法，并凭借一系列的教育令逐步攫取了学校的控制权，最终成为“霍格沃茨高级调查官”。她以残忍的方式惩罚学生，尤其是哈利，强迫他用一支可以自动书写谎言并用使用者血液作为墨水的黑魔法羽毛笔进行关禁闭。
由于无法从乌姆里奇的课堂上学到任何有用的知识，在赫敏·格兰杰的提议下，哈利、罗恩和赫敏秘密组织了一个名为“邓布利多军”（简称D.A.）的学生团体。他们在有求必应屋中由哈利亲自教授大家实用的防御咒语。与此同时，哈利开始频繁地做一些与伏地魔有关的噩梦，并目睹了亚瑟·韦斯莱在魔法部遇袭的场景，这促使邓布利多安排西弗勒斯·斯内普教导哈利大脑封闭术，以阻止伏地魔入侵他的思想，但训练以失败告终。D.A.最终因成员玛丽埃塔·艾克莫的背叛而暴露，邓布利多为保护哈利而承担了全部责任，并在被捕前巧妙地逃离了学校，乌姆里奇随即接任校长一职。
在O.W.L.考试期间，哈利收到了一个来自伏地魔的虚假幻象，看到小天狼星布莱克正在神秘事务司里遭受折磨。尽管赫敏警告这可能是个陷阱，哈利还是义无反顾地与罗恩、赫敏、金妮·韦斯莱、纳威·隆巴顿和卢娜·洛夫古德一同骑着夜骐飞往伦敦。他们果然在神秘事务司的预言厅遭遇了由卢修斯·马尔福和贝拉特里克斯·莱斯特兰奇领导的食死徒的埋伏。食死徒的目标是夺取一个关系到哈利和伏地魔命运的预言球。D.A.成员与食死徒展开激战，不久后，小天狼星、卢平、唐克斯、穆迪和金斯莱·沙克尔等凤凰社成员及时赶到支援。在混战中，小天狼星被他的堂姐贝拉特里克斯的咒语击中，坠入一扇神秘的帷幔后死去。
悲痛欲绝的哈利追击贝拉特里克斯，并在魔法部中庭与伏地魔本人正面遭遇。阿不思·邓布利多及时出现，与伏地魔展开了一场惊心动魄的巫师对决。在决斗的最后，伏地魔试图附身哈利，但因无法承受哈利内心因失去小天狼星而产生的巨大悲痛而被迫逃离。至关重要的是，福吉部长和众多魔法部官员亲眼目睹了伏地魔的现身，使他回归的事实再也无法被掩盖。回到校长办公室后，邓布利多向哈利揭示了那个预言的全部内容——它预言了只有一个拥有征服黑魔头能力的人将诞生，而哈利和伏地魔之间，两者必有一人死于另一人之手。