在经历了三强争霸赛的悲剧和伏地魔的复活后，哈利・波特在德思礼家度过了一个充满压抑和孤立的夏天。他与表哥达力・德思礼遭到两只摄魂怪的袭击，迫使他使用呼神护卫咒，并因此面临魔法部的听证会。在阿不思・邓布利多的帮助下，哈利被宣告无罪。 随后，哈利被护送至凤凰社的总部——格里莫广场12号，与他的教父小天狼星・布莱克重聚。他了解到凤凰社是一个秘密组织，致力于对抗伏地魔及其追随者食死徒。然而，由于魔法部部长康奈利・福吉担心邓布利多觊觎其职位，魔法部官方拒不承认伏地魔回归，并通过《预言家日报》将哈利和邓布利多描绘成谎言散布者。 回到霍格沃茨后，哈利发现魔法部已经安插了高级副部长多洛雷斯・乌姆里奇担任新的黑魔法防御术教授。乌姆里奇拒绝教授任何实用的防御魔法，并以高级调查官的身份逐步掌控学校，颁布一系列“教育令”。为了自卫，哈利、罗恩・韦斯莱和赫敏・格兰杰秘密组织了名为“邓布利多军”（简称 D.A.）的小组，在有求必应屋内由哈利亲自教授成员们实用的防御咒语。 与此同时，哈利频繁地看到与伏地魔相关的幻象，并被迫接受西弗勒斯・斯内普教授的大脑封闭术训练，以阻止伏地魔入侵他的思想，但训练以失败告终。在一个幻象中，哈利看到小天狼星在神秘事务司遭到伏地魔的折磨。尽管赫敏警告这可能是个陷阱，哈利还是与罗恩、赫敏、金妮・韦斯莱、纳威・隆巴顿和卢娜・洛夫古德一同骑着夜骐飞往伦敦。 在神秘事务司的预言厅，他们发现了一个刻有哈利和伏地魔名字的预言球，但随后遭到了卢娜・蒂克・莱斯特兰奇领导的食死徒的伏击。D.A. 成员与食死徒展开激战，不久凤凰社成员赶来支援。在混战中，小天狼星・布莱克被他的堂姐贝拉特里克斯・莱斯特兰奇用咒语击中，坠入帷幔后死亡。战斗的最后，邓布利多赶到并与伏地魔展开了一场惊心动魄的决斗。伏地魔在逃离前被福吉等多位魔法部官员亲眼目睹，其回归的真相终于公之于众。 最后，邓布利多向哈利揭示了预言的全部内容：他们两人之中只有一个能活下来，另一个必须死去。哈利在巨大的悲痛和沉重的命运负担中结束了他的第五学年。
《凤凰社》是整个系列的转折之作。它正式揭开了第二次巫师战争的序幕，将冲突从个人层面扩展到整个魔法世界的政治层面。本书极大地加深了故事的黑暗基调，迫使主角团队和读者共同面对残酷的现实。同时，它通过预言明确了哈利与伏地魔之间不可避免的宿命对决，为后续故事的发展奠定了核心矛盾。