第二次巫师战争 (Second Wizarding War)，是指从1995年6月 伏地魔 复活，到1998年5月2日他在 霍格沃茨之战 中被击败并最终死亡期间，席卷整个英国魔法界的全面冲突。这场战争的核心对抗双方，一方是以 伏地魔 为首的 食死徒 及其盟友，他们奉行纯血至上主义，企图推翻 魔法部 并奴役非魔法人士（麻瓜）；另一方则是以 阿不思・邓布利多 重新召集的 凤凰社 和 哈利・波特 为核心的抵抗力量。 这场战争的规模和残酷程度远超 第一次巫师战争，其特点是从最初的秘密冲突和政治渗透，逐步升级为公开的恐怖统治和最终的决战。战争的终结，标志着 伏地魔 势力的彻底覆灭和魔法世界一个新时代的开启。
第二次巫师战争的根源可追溯至 第一次巫师战争 的结局。1981年，伏地魔 在试图杀害婴儿 哈利・波特 时，因 莉莉・波特 的牺牲咒语而自食其咒，导致其肉身被摧毁，被迫以残魂形态流亡。 在接下来的十多年里，伏地魔 的追随者或被逮捕，或声称自己无辜而脱罪，魔法世界迎来了一段相对和平的时期。然而，伏地魔 从未真正消亡。经过多次尝试，他最终在 哈利・波特与火焰杯 的结尾，于1995年6月24日在 小汉格顿 的墓地，利用 哈利・波特 的血液、其父亲的骨和仆人 小矮星彼得 的肉，成功恢复了完整的肉身，这标志着第二次巫师战争的正式开始。
战争的最终决战于1998年5月2日在 霍格沃茨城堡 打响。哈利・波特 为寻找最后一个 魂器（拉文克劳的冠冕）回到学校，伏地魔 随即率领大军围攻城堡。凤凰社 成员、师生和校友们奋起反抗。这场战斗极其惨烈，造成了大量伤亡，包括 弗雷德・韦斯莱、莱姆斯・卢平、尼法朵拉・唐克斯 和 科林・克里维 等人。在战斗中，纳威・隆巴顿 用 格兰芬多宝剑 斩杀了 伏地魔 的最后一个 魂器——宠物蛇 纳吉尼。最终，哈利・波特 在揭示了 老魔杖 的真正归属后，与 伏地魔 正面对决。伏地魔 施放的 阿瓦达索命 咒被 老魔杖 反弹，杀死了他自己。伏地魔 的死亡标志着第二次巫师战争的彻底结束。