故事始于哈利·波特在婴儿时期幸免于伏地魔的阿瓦达索命咒，并被寄养在位于萨里郡小惠金区的姨夫弗农·德思礼和姨妈佩妮·德思礼家中。在德思礼家备受欺凌地度过十年后，哈利在十一岁生日前夕开始收到来自霍格沃茨魔法学校的录取信。尽管德思礼一家百般阻挠，霍格沃茨的钥匙保管员鲁伯·海格最终还是找到了哈利，并告诉他身世的真相：他是一名巫师，他的父母詹姆·波特与莉莉·波特是被邪恶的伏地魔杀害的。 海格带领哈利前往对角巷购买学习用品，哈利在那里第一次接触到巫师世界，并从古灵阁巫师银行取到了父母留下的遗产。他在摩金夫人长袍专卖店遇到了未来的对手德拉科·马尔福，并在奥利凡德魔杖店得到了一根与伏地魔的魔杖拥有相同杖芯（凤凰羽毛）的魔杖。在国王十字车站的九又四分之三站台，哈利登上了霍格沃茨特快列车，并在车上结识了罗恩·韦斯莱和赫敏·格兰杰，三人很快成为了挚友。 抵达霍格沃茨后，分院帽将哈利、罗恩和赫敏都分入了格兰芬多学院。哈利开始了全新的校园生活，学习魔咒、变形术和魔药学等课程。他与严厉的魔药学教授西弗勒斯·斯内普关系紧张，但同时也展现出了非凡的飞行天赋，并被米勒娃·麦格教授破格选为格兰芬多魁地奇球队有史以来最年轻的找球手。 随着学期的深入，三人组无意中发现学校三楼的禁区内由一条名为路威的三头犬看守着一个活板门。他们推断有人——极有可能是他们不喜欢的斯内普教授——正试图窃取活板门下的神秘物品。经过调查，他们得知该物品是传说中能制造长生不老药的魔法石，其制造者是邓布利多的好友尼可·勒梅。他们认为斯内普正试图为伏地魔偷取魔法石，以帮助其复活。 在学期末，当校长阿不思·邓布利多离开学校后，三人组决定亲自阻止魔法石被盗。他们穿越活板门，接连闯过了由学校教授们设置的重重关卡，包括魔鬼网、会飞的钥匙、巨大的巫师棋棋盘和逻辑谜题。最终，只有哈利一人到达了最后一个房间。 在最后的密室里，哈利面对的并非斯内普，而是胆小口吃的黑魔法防御术课教授奇洛。真相揭晓，奇洛一直为伏地魔效力，而伏地魔的灵魂就附身在他的后脑勺上，两人共享一个身体。是奇洛在魁地奇比赛中试图杀死哈利，而斯内普则一直在暗中保护他。奇洛试图利用厄里斯魔镜取出魔法石，但只有不想利用它的人才能得到它，因此魔法石出现在了哈利的口袋里。伏地魔命令奇洛杀死哈利，但由于莉莉·波特为保护儿子而死时留下的古老魔法，奇洛的身体一接触到哈利便会化为灰烬。伏地魔的灵魂被迫逃离，哈利也因精疲力竭而昏倒。 哈利在学校的医院里醒来，邓布利多向他解释了所有谜团，包括他母亲的爱所带来的强大保护魔法。在年终宴会上，邓布利多为哈利、罗恩、赫敏和纳威·隆巴顿的英勇行为给予了格兰芬多学院额外的加分，使得格兰芬多最终反超斯莱特林，赢得了当年的学院杯。故事最后，哈利带着对魔法世界的美好回忆和对未来的期盼，回到了德思礼家度过暑假。