神祕事務司是 魔法部 中最神秘、保密级别最高的部门，位于 魔法部 总部的最底层（第九层）。其入口是一扇位于走廊尽头的普通黑色门，没有任何把手或标记。进入后是一个圆形的黑色入口大厅，墙壁上有多扇一模一样的门。每当一扇门被关上，整个房间的墙壁就会高速旋转，使闯入者迷失方向，无法辨认来路和去路。 该部门的历史与 魔法部 本身一样久远，其具体成立时间不详。它的核心任务是研究魔法世界中最深刻、最强大的力量与概念，这些研究被认为是极度危险且高度机密的。在神祕事務司工作的巫师被称为 缄默人，他们受到严格的魔法契约束缚，绝不能向任何人透露其工作内容。凤凰社 成员 斯多吉・波德摩 就是一名 缄默人。
神祕事務司在《哈利·波特与凤凰社》中扮演了至关重要的角色。伏地魔 一直试图窃取存放在该部门 预言厅 中关于他和 哈利・波特 的 预言球，因为他只听到了预言的前半部分。为此，他利用与哈利之间的精神连接，向哈利传送了 小天狼星布莱克 在神祕事務司受折磨的虚假幻象。 为了拯救教父，哈利与 赫敏・格兰杰、罗恩・韦斯莱、金妮・韦斯莱、纳威・隆巴顿 和 卢娜・洛夫古德 一同闯入神祕事務司，却落入了 食死徒 的陷阱。双方随即在神祕事務司的各个房间内展开激战，史称 神祕事務司之戰。在这场战斗中，重要的预言球被意外打碎，其内容无人再能完整听到。更重要的是，小天狼星布莱克 被他的堂姐 贝拉特里克斯・莱斯特兰奇 的咒语击中，坠入了 死亡室 的神秘帷幔后死去。 战斗的最后，阿不思・邓布利多 及时赶到，并与 伏地魔 在 魔法部 大厅展开了一场惊心动魄的决斗。这场对决被 魔法部 部长 康奈利・福吉 及众多官员亲眼目睹，迫使魔法界正式承认了 伏地魔 已经归来的事实。
神祕事務司内部由多个专门研究不同魔法奥秘的房间组成。