神秘事務司 (Department of Mysteries) 是 魔法部 中最神秘、戒备最森严的部门。它的具体工作内容对外严格保密，甚至连 魔法部 内的其他员工也知之甚少。在此工作的巫师被称为 解說員，因为他们被禁止讨论自己的工作内容或部门内的任何发现。 该部门的入口位于 魔法部 第九层走廊的尽头，是一扇没有任何标记、装饰或把手的朴素黑门。这扇门对大多数咒语免疫，包括开锁咒 阿拉霍洞开。进入门后是一个圆形的 入口廳，墙壁由黑色大理石构成，地板也光亮如镜。厅内有多扇与入口一模一样的黑门。每当一扇门被关上，整个圆形房间便会高速旋转，使来访者迷失方向，无法辨认来时的路，这是一项精密的安保措施。 神秘事務司 的研究领域涵盖了宇宙中最基本且强大的力量，包括时间、空间、思想、爱与死亡。其历史悠久，至少在第一次巫师战争期间便已存在，当时未来的 食死人 奧古斯都・羅克五 就曾是一名 解說員。
神秘事務司 是《哈利・波特与凤凰社》故事情节的核心地点。 佛地魔 为了夺取一个关于他与 哈利・波特 的 預言球，利用他与哈利之间的精神连接，向哈利植入了 天狼星・布萊克 在 神秘事務司 受折磨的虚假幻象。由于 預言球 只能由预言所涉及的对象拿取，佛地魔 企图引诱哈利亲自前往并为他取下预言。 这个计谋最终导致了 “神秘事務司之戰” 的爆发。哈利・波特 与五位 鄧不利多的軍隊 成员（妙麗・格蘭傑、榮恩・衛斯理、金妮・衛斯理、奈威・隆巴頓 和 露娜・羅古德）闯入司内，与十二名 食死人 展开激战。随后，鳳凰會 成员前来支援。战斗中，預言球 被意外打碎，其内容永久丢失。更重要的是，天狼星・布萊克 在 死亡室 中被他的堂姐 貝拉・雷斯壯 的咒语击中，坠入古老的帷幔后死亡。 这场战斗的高潮是 阿不思・鄧不利多 与 佛地魔 在 魔法部 大厅的正面决斗，最终迫使 魔法部 承认了 佛地魔 已经归来的事实。
根据《哈利・波特与凤凰社》中的描述，神秘事務司 至少包含以下房间：