奇獸管控部是魔法部内部规模最大、结构最复杂的部门之一。其核心职责源于对魔法生物的分类，这一分类本身在巫師世界就充满了争议。该部门主要依据生物的智力水平和是否能理解巫师法律，将其划分为三个主要类别，并设立了相应的事务司进行管理。
负责处理所有被归类为“奇獸” (Beast) 的生物。这些生物通常被认为不具备足够智力来理解法律或分担立法责任。该事务司的工作包括但不限于：物种保护、危险生物控制、贸易与繁育管理等。紐特・斯卡曼德在撰写《怪獸與牠們的產地》前曾在此部门短暂工作。
理论上负责处理被归类为“人” (Being) 的生物，即拥有高度智慧、能够与巫师交流的物种。然而，许多智慧种族，如人馬、人魚和妖精，为避免受魔法部管辖而主动拒绝了“人”的身份，并要求被归为“奇獸”。这使得该事务司的职能变得非常尴尬和有限，大部分相关事务都由专门的联络办公室处理。
负责处理鬼魂和愛搗蛋的皮皮鬼等灵体。其具体职责在书中着墨不多，但可以推断其工作涉及处理鬼魂对活人的滋扰、管理鬼魂的“居住地”等。
该部门下设多个专业办公室和委员会，以处理具体事务：
该部门在系列故事中多次对情节产生重要影响：