賢者の石は、ハリー・ポッターと賢者の石 の中で「血のように赤い石」と描写されています。その形状は完璧ではなく、不規則でざらざらした表面を持ち、大きさは鶏の卵ほどであったとされています。
賢者の石は、既知の限り二つの伝説的な魔法の特性を持っています。これらは、歴史上多くの魔法使いや魔女が追い求めた究極の目標と関連しています。
賢者の石は、著名な錬金術師であるニコラス・フラメルによって製造されました。彼はアルバス・ダンブルドアの旧友であり、石の力によって妻と共に6世紀以上もの間、平穏に暮らしていました。 1991年、ヴォルデモートが自身の肉体を取り戻し、完全な不死を達成するために賢者の石を狙っていることが判明します。この脅威を受け、ダンブルドアはグリンゴッツ魔法銀行の厳重な金庫から石をホグワーツ魔法魔術学校へ移し、さらなる防衛魔法を施すことを決定しました。 石はホグワーツの地下深くにある一連の部屋に隠され、以下の教授たちによって守られました。
最終的に石は、それを使おうとせず、ただ「見つける」ことだけを望んだハリー・ポッターによってみぞの鏡から取り出されました。ヴォルデモートの企みが阻止された後、ダンブルドアとフラメルは、石が悪用される危険性を考慮し、それを破壊することに合意しました。石の破壊により、フラメル夫妻は自分たちが蓄えた生命の水を使い切った後、穏やかに死を迎えることとなりました。
賢者の石は、シリーズ第一作ハリー・ポッターと賢者の石における中心的なプロット・デバイス（マクガフィン）です。物語全体が、石を狙うヴォルデモートと、それを守ろうとするハリー・ポッター、ロン・ウィーズリー、ハーマイオニー・グレンジャーの冒険を軸に展開します。 この石は、ヴォルデモートの不死への執着を象徴する一方で、ハリー・ポッターの無欲で純粋な心（石を私利私欲のために使おうとしなかったこと）を証明する重要な試練となりました。最終的に石が破壊されるという結末は、シリーズ全体を貫く「死は受け入れるべき自然な摂理である」という重要なテーマを読者に提示しています。