本作は、ハリー・ポッターシリーズの記念すべき第1作目である。両親を亡くし、マグルの親戚であるダーズリー一家に虐げられて育った少年ハリー・ポッターが、自身が魔法使いであることを知り、ホグワーツ魔法魔術学校に入学するところから物語は始まる。親友となるロン・ウィーズリーやハーマイオニー・グレンジャーとの出会い、学校生活、そして両親の仇であるヴォルデモート卿との最初の対決を通じて、ハリーが自らの運命と向き合い始めるまでを描く。
11歳の誕生日を間近に控えたハリー・ポッターは、叔父、叔母、いとこと共にプリベット通り四番地で暮らしていた。ある日、ホグワーツ魔法魔術学校からの入学許可証が届き始めるが、ダーズリー一家はそれをハリーから隠そうと必死になる。しかし、手紙は執拗に届き続け、ついにホグワーツの森の番人であるルビウス・ハグリッドが直接ハリーを迎えに現れる。 ハグリッドから、ハリーの両親が偉大な魔法使いであり、邪悪なヴォルデモート卿に殺害されたこと、そして赤ん坊だったハリーだけが生き残った「生き残った男の子」として魔法界で有名であることを知らされる。ハグリッドに連れられてダイアゴン横丁を訪れたハリーは、杖や学用品を揃え、魔法界への第一歩を踏み出す。 キングス・クロス駅の九と四分の三番線からホグワーツ特急に乗り込んだハリーは、ウィーズリー家の末息子ロン・ウィーズリーと、マグル生まれの秀才ハーマイオニー・グレンジャーと出会い、生涯の友人となる。ホグワーツでは、組分け帽子によってグリフィンドール寮に選ばれ、魔法薬学のセブルス・スネイプ先生や、ライバルとなるスリザリン寮のドラコ・マルフォイなど、多くの人物と関わりながら魔法を学んでいく。 やがてハリーたちは、校内の立ち入り禁止区域に隠された「賢者の石」の存在を知る。賢者の石は、所有者に永遠の命を与える伝説の品であり、力を失ったヴォルデモート卿がそれを狙っていると推測した三人は、石を守るため、ダンブルドア校長の制止を振り切って危険な冒険に乗り出す。悪魔の罠、空飛ぶ鍵、巨大な魔法使いのチェスといった数々の障害を乗り越えた末、ハリーは石が隠された部屋で、ヴォルデモートに寄生されたクィリナス・クィレル教授と対峙する。母親リリー・ポッターが遺した愛の守りの魔法によって、ハリーはクィレルを退け、ヴォルデモートの企みを阻止することに成功する。